进入府中不久，浮月就和暮叶走散了。与此同时，芦屋道满的四个徒弟：道戒、道凉、道真以及女徒弟咲耶，接到了师傅的书信赶往藤原府协助师傅调查。当四人进入府中，却发现这里到处都是疯狂的恶鬼与病人，还有一对身着红衣的双子在唱着瘆人的童谣。
在调查途中，咲耶救下了被恶鬼袭击的浮月，并给予她自己的符咒以作防身，但因自己仍有师傅命令的要务在身，因此不能与浮月同行，两人就此别过。
而这里道满的小女儿浮月与女徒弟咲耶便分别是故事“阴之章”与“阳之章”的两个女主。
在“阴之章”中，浮月成功找到了父亲和姐姐，但是最终会被姐姐暮叶怨恨地推下悬崖。
在“阳之章”中，咲耶会找到了被杀害并且变成了恶鬼的藤原家主和夫人，在他们的袭击下，小师弟道真被夫人抓走最终惨死在竹箱里。而大师兄也变成了恶鬼，二师兄又被暮叶残忍杀害。
后来咲耶通过暮叶的日记可以得知，原来早在多年前，暮叶与浮月一同在山上游玩时，浮月就曾失手害死过暮叶，随后浮月听从红衣双子的建议，用九怨之术将暮叶复活。但复活后的暮叶身体却开始腐烂，得知此事的芦屋道满不但没有救暮叶，反而告诉她只有继续用人做祭品，完成九次咒术，才能够真正复活。因此暮叶残忍杀害了整个藤原府的人。
但这其实都是芦屋道满的谎言，九怨之术并不能使人复活，但会让其结出一种可以使法力大增的果实。他一切的目的只是为了得到这果实从而打败自己的死对头安倍晴明。
游戏的第三章“九怨之章”便是以平安时期的大阴阳师安倍晴明为主角。
游戏以这种多视角叙事的手法，再通过多为角色的笔记和日记，将一个完整的故事用叙事诡计包装起来，让玩家自己寻找线索去理解。游戏中每个主角甚至所知道的事实都只是真相的一部分，就宛如日本作家芥川龙之介的小说《竹林中》一般，每个人讲述一遍自己所看到的故事，最终形成了一个完整但充满矛盾和重叠的闭环。
《九怨》这部作品将 From Software 最最擅长的碎片式叙事方式带入恐怖游戏中，每一个场景都有不少细节和揭示游戏信息的书册，以及 From Software 优秀的相机控制和场景布置，让整个游戏都有了好如电影般的感觉，彻底增强了整个游戏的悬疑与恐怖的气氛，在笔者看来是很成功的一部作品。
然而该作在 2004 年发售时，风头仍旧完全被《零》系列盖过，以至于后来粉丝甚少，因此没有了下文。
如果将《九怨》这部作品与《零》系列相比较就可以发现，《九怨》将游戏背景选在日本平安时期，游戏内的场景和画面显得扭曲又瘆人，在恐怖之余给人多了一丝生理上的不适，并且虽然《九怨》与《零》系列都是以女性为主角，但是《九怨》中的主角自身都显得较为阴森，看起来让人不禁打起寒颤。
