游戏的战斗系统是一如传统的战棋型RPG。在极大的地图上配置敌我双方的机体,遵照设定好的胜败条件,以敌我回合交错的流程,运用「移动」、「攻击」两个指令将敌人机体一一击坠,满足胜利条件前往下一关,只要有一点战棋型策略游戏常识就能马上熟悉操作。
《超级机器人大战》系列几个比较知名的特色,则是机体性能、驾驶员能力、人物精神等方面,敌我机体跟驾驶员都有对各种地型的适性设定,还有攻防能力等数值,这使机体与人物可以分为“以高机动力回避和射击为战斗方式”的真实系机体,以及“拥有高火力高装甲”的超级系机体,玩家可以依自己喜好去编组战术,亦或是根据关卡需求来选择出战阵容。
每一关除了胜利条件外还会有SR点数获得条件,过关前达成该条件就能获得些优惠,这些系统都有保留
另一个特色为驾驶员精神与技能,基本上每一台机体都会配属一名以上的驾驶员。每个驾驶员除了能力外,在精神指令、人物技能上都能表现自己的特色。