本次男女主角是采取同时存在的制度,选择了其中一人,另一人依然会出现在故事中,至于是敌是友这就留给玩家们自己发现吧。机战系列带剧情的方式都是人物立绘或头像加对话框,偶尔再穿插音效与音乐来表现剧情张力。此外,部份立绘还会加入细微的表情变化来配合剧情。
当然这种表现方式在现今游戏中略嫌单薄。因此这回加入了相当多的过场动画演出,特别是《宇宙战舰大和号》,在游戏初期的各种演出都足以激起高龄玩家心中的感动和期待。 (时代的眼泪……)
本次《机战V》故事重点在「航海」,因此本次故事和《宇宙战舰大和号》紧紧相关,不论男女主角、海盗高达、盖塔机器人、魔神Z等,都在初期跟着大和号共进退。从一开始的剧情叙述就可以看出本作故事完全是以《宇宙战舰大和号》的主轴延伸出去的,只不过,这回因为有各种机器人的加入,大和号的宇宙旅程也变得更加壮阔。