传说系列能够受到玩家广泛欢迎，其重要原因之一就是手动操作的战斗系统，这个被称为“线性动作战斗系统”（Linear Motion Battle System，简称LMBS）的玩法中，玩家带领队伍在类似街机横版动作画面场景中与敌人战斗，普通攻击和远程攻击可以通过按键立即执行，而魔法则是有咏唱时间，而且在施放过程中画面会暂停。
而在《永恒传说》中，这个系统得到进一步改善，不仅招式数量提升，同时学习新技能的方式有了变化，例如物理攻击技能主要依靠斩、突两种基本攻击熟练度，达到一定程度后才可学习，同时高级别技能学习对低级别技能使用次数有要求。
这样的设计让玩家有机会根据需求，优先学习某些技能，实现了个性化自由化成长，在战斗中也无需像以往那样攒着TP舍不得用，另外游戏后期出现了一些威力巨大的必杀技，对玩家按键操作有很高要求，这也让动作游戏核心粉丝有了展现自己的机会。
法师所使用的魔法也变得种类繁多，新增的晶灵瓶系统可以说大大丰富了玩法，游戏后期的高级法术需要晶灵瓶调和才能学习，而所有的晶灵都是分别装在两个瓶子中，不同的晶灵搭配所调和的魔法也不同，这就让晶灵瓶搭配有了多种组合。游戏中共有十种晶灵，大部分都可以在主线故事中获取，但也有几个需要完成高难度的支线任务，对玩家实力提出了很高挑战。另外也许是PS主机末期硬件性能已发挥到极致，本作施放魔法不再暂停画面，而是像必杀技一样瞬间施放，让整个战斗体验瞬间变得流畅，不再有以往那种经常被打断的感觉。
本作战斗中玩家除了可以控制主角外，还针对同伴加入了AI指令，满足条件后便可自动使用各种技能，此外新增了L2R2两个快捷键功能，可以让同伴直接发出指定技能，使得玩家有机会统筹整个队伍的伤害输出。游戏中经典的连击数加成经验值的系统仍然保留，此外加入了战斗时间以及战斗技巧统计，让玩家每次为了得到更好的评价努力提升技巧，《永恒传说》的战斗系统比起前两作有了明显提升，为系列后续作品打下了良好基础。
游戏除了主线故事外，还有众多支线内容，经典的地牢迷宫依旧让玩家有了挑战机会，新增的海底洞穴更是有着强大吸引力，世界各地隐藏的料理达人也充分满足了玩家收藏乐趣。由于世界地图变大，且有着陆地、天空、海洋、水下等多层次，玩家可以使用的交通工具种类更多，除了经典的飞空艇还有海盗船、潜水艇等，另外还可以在船坞内对船体空间进行改造，就像光荣的《大航海时代》那样，种种新颖的设计都让《永恒传说》真正有了大作风范。
