当然本作依然维持着风色系列优良剧本的传统，游戏采用了倒叙手法，交杂着私人友情与国家大义间挣扎的剧情，兼具小人物和大战场的描写让角色刻画方面极为出色，双主角视点讲故事的新玩法也激起了玩家社区的讨论。然而，3代的故事更多在于铺垫，在玩家意犹未尽时就戛然而止，留下太多伏笔未解，因此坊间一度有传闻称原因是剧本内容过于庞大，加上受到发售时间影响才不得已将故事一分为二，变成《风色幻想III～罪与罚的镇魂歌～》和续作《风色幻想4～圣战的终焉～》。

第五作：《风色幻想4：圣战的终焉》 发行年份：2005

　　风风雨雨一路走来，在2005年，圣战走向了终点。《风色幻想4：圣战的终焉》的故事直接承续着前作（《风3》）结局发展，甚至记录还能直接共享，所做的就是要为菲利斯多篇画下句点。因此其内容除了有着超豪华的历代著名角色大集合外，贯穿数代间、延续千万年的层层谜题也在本作中逐一的解开，是系列自推出以来的六年里，最为精彩且壮大的完结之作。

　　不过有利也有弊，也正是由于世界观宏大，加上系列剧情一直紧密关联，要想开坑就是大坑，没有玩过前作的玩家很难一下子把剧情搞明白，并且由于时间线拉得太长，就算是玩过的朋友也容易忽略或是遗忘大量细节。

　　由于沿用上代的引擎开发，游戏的各方面跟前作相差并不大，只是在数值上吸收玩家建议和意见进行了修正、调整；另外在系列中，羁绊系统在首次登场。其使用条件是两名队员学会特定的招式，两名队员站位相邻，会在发动者的战斗菜单上出现“协力”选项即可发动强力技能。

第六作：《风色幻想5：赤月战争》 发行年份：2006

　　在完结了菲利斯多篇后，弘煜科技并没有停下脚步喘口气，而是一鼓作气；仅在一年后（2006年），《风色幻想5：赤月战争》就跟我们见了面。本次虽然在游戏序号上承接前作，但在剧情算是另起炉灶，开启了绿之星篇。

　　游戏由风色幻想原制作班底所全力打造，在剧情上继承了风色幻想系列游戏一贯的优良传统（先挖大坑），而且还在世界观设定、游戏画面表现和游戏系统部分都会有大幅革新。其中，双女主角的设定概念导入，加上轻小说式易读幽默又不失深刻设定的剧情内容，在上市后便成功获得各大论坛的一致好评与推荐。