主角之外，一众配角也令人印象深刻。雷凌云用尽手段成为棋圣，最终又为维护国家名誉而死；金威远虽然利用江流儿赌棋牟利，但又给予江流儿从颓丧中抬头的自信。动画对于这些反派角色的深度塑造，其实是用围棋之道隐喻人生。
不止是《围棋少年》，同期的儿童动画诸如《神厨小福贵》《虹猫蓝兔七侠传》等，通过构筑了一个个精彩纷呈的世界，塑造坚强、勇敢、善良的动画角色，向观众传递其中蕴含的人世哲理，为小观众们在若干年后的今天去重新解读和讨论这些动画，提供了丰富的要素。基于此，当粉丝们得知《新围棋少年》消息后，既期待全新故事，也希望动画能在迎合当下受众喜好之余，不忘保持前作的故事深度。
涉及到棋局对弈，镜头自然转向了山中修行的江流儿，如今成为一流棋手的他开始思索如何开创属于自己的定式，走出自己的棋道。为了凸显开创定式之难，动画设计了江流儿与臭棋王连战十局连败十局的情节，给江流儿重新成长的机会，便于引出更为跌宕起伏的故事。
未来结果，狂妄之人终会惨败收场，也彰显了方百花身为棋待诏，不惧外敌，可以在关键时刻救驾解围的魄力。
在新观众看来，每个角色的形象性格都在逐渐丰满立体起来。但在对故事了如指掌的粉丝看来，动画近十集才能交代清楚主线和登场人物未免有些拖沓，影响观感。即便是十集之后，江流儿来到京城，故事节奏也并未像粉丝期待的那般紧凑。最为明显的便是占据了第十一、十二集大量篇幅的王羲之独创书法桥段，动画将其与江流儿开创定式进行类比固然能引起观众丰富联想，但从故事编排看难免有些冗长。
