编号880~883: 雷鸟龙、雷鸟海兽、鰓魚龙和鰓魚海兽
这四只化石宝可梦是本作中最有特色也是最为大胆的设计。本作的化石与以往的化石相较起来有很大的不同,它们都没有岩石属性,也没有进化关系。
本作的化石的设计理念主要是来自于化石的错误拼合,虽说是错误拼合,但实际上化石的复原上并没有人能做到绝对的正确,有关化石的复原永远在探索与研究,即使是科学家们也不敢肯定他们复原的化石就是正确的,而我们在恐龙图鉴书上看到的复原图也只是最为接近原本恐龙的样貌,并非完全真实的样貌。从某种角度上说,我们熟知的太古盔甲,多刺菊石兽,战锤龙等化石宝可梦也并非是完全正确的还原。
四只化石宝可梦分别是由四块化石两两拼合而成。
雷鸟龙由鸟化石和龙化石拼合,它的上半身看起来像是小型的恐龙,如迅猛龙,但考虑到鸟的含义和头部造型,它也可能源于始祖鸟,再根据手部闪电状的器官推断,它还可能源于羽毛恐龙;它的下半身看起来比较明显,根据有特征的棘刺来判断,可能是源于剑龙,也符合恐龙的特征。