游戏中着重刻画了纳粹寻找香巴拉,以及“纯种雅利安人”的历史,这一段历史是真实存在的。只不过在游戏当中,当年的纳粹探险队真的找到了香巴拉,在发现香巴拉的秘密后(会使人出现变异)探险队队长卡尔·舍费尔为了不让纳粹得到香巴拉的秘密而选择隐居在西藏,直到内森·德雷克的到来……
《神秘海域3:德雷克的诡计》的背景是最早出现在《古兰经》里的千柱之城——“乌巴城”。传说此城位于阿拉伯半岛的鲁卜哈利沙漠中,十分富有,但是因为背叛了真主安拉而受到惩罚,消失在沙漠中。关于千柱之城最早由《一千零一夜》传入欧洲,传说中同时被埋入沙漠的还有宝藏,不断引得欧洲人前来寻找。已经有人通过对鲁卜哈利沙漠中遗迹的挖掘声称找到了“千柱之城”,但是他们找到的是不是“千柱之城”,学界还存在着争议。
游戏中对“阿拉伯的劳伦斯”的故事进行了一些改编,对于T.E.劳伦斯为什么去阿拉伯帮助阿拉伯人并且在日后成为阿拉伯人的英雄这一历史进行了大胆的猜想。在游戏中劳伦斯是为了寻找“千柱之城”才来到阿拉伯。
《神秘海域4:盗贼末路》以英国著名海盗亨利·埃弗里为背景。亨利·埃弗里是英国皇家海军出身,后来被逐出了军队。随后他开始干起了奴隶贩子的生意,最后又变成了真正的海盗。他通过对莫卧儿帝国朝圣船队的劫掠成为了当时最富有的海盗。传说他在这一次劫掠中遇到了莫卧儿国王的女儿,这位公主最终爱上了他并且追随了他。最后埃弗里和他的海盗部下们为了躲避英国当局的抓捕而分散逃跑,没有人知道埃弗里和他的财宝最终去了哪里。有人说他在马达加斯加终老,有人说它晚年改名以后生活在德文郡。