同样的,宗教裁判所也将在电影中着重表现。此处,我们将首次见到哈维尔·古铁雷斯饰演的宗教裁判所首领托尔克马达。
阿奎拉和宗教裁判所发生冲突,之后阿奎拉发现自己被绑在裁决所的中央。
随后预告片中展现的是自由状态的阿奎拉的战斗场景,他痛击了几个守卫并施展了刺客信条的代表性招数:空中刺杀,其中包括从屋顶跃下和用袖剑刺杀目标。