在一代最后梅森等人突入轮船内部后发现了广播站,但并没有发现德拉格维奇的踪影。哈德森确认无误后召唤海军在15分钟之内前来摧毁发射源,但是梅森坚持要继续搜寻并亲手杀死德拉格维奇(被雷泽诺夫洗脑的后果,同时也是为了防止德拉格维奇逃走后再次引起灾难)。之后哈德森叫威夫尔先上去,然后和梅森潜入水中,发现了一座德拉格维奇修建的水下基地,最后两人在水下基地将德拉格维奇溺死,然后安全返回海面。不过游戏结束后又出来一段过场,那个开头就出现播放数字的女人仍在那里念那些数字,而最后在肯尼迪遇刺前的一段画面上,背景人群里竟然出现了梅森的身影。由此也映射出德拉格维奇可能已经成功的实现了当初为梅森洗脑的目的。
本作主要围绕着两个重要的作战行动,即“刺杀肯尼迪”与“越战”行动展开。其中不乏穿插着回忆、暗线的插入;以及谍战,越战等各式各样的战斗类型。而剧情的复杂性与遗留的迷惑性也为下面的作品《黑色行动2》埋下伏笔。