Blazkowicz与他的盟军同胞正在执行捉拿Wilhelm "Deathshead" Strasse将军的任务,这位将军曾在过去的《重返德军总部》游戏出现过,如今回归成为本作的主要敌人。当盟军来到碉堡,Blazkowicz遭遇到大量的纳粹兵、军犬和机械兵器,包括笨重的金属猎犬与一座高大的自行火炮。
《重返德军总部:新秩序》的枪战非常令人满足,因为用枪將纳粹兵的头打爆会发出嘎吱的声音。Blazkowicz和他的战友从碉堡侧边垂降而下时,还会有爬墙的桥段,这种改变步调与视角的玩法也很让人乐在其中。
但是当Blazkowicz进入碉堡,他发现的失去让屠杀纳粹兵的刺激感消失殆尽。他和他的部队来到一间外科处刑室,这就是Deathshead将军的杰作。还一息尚存的囚犯被切得皮开肉绽,肌肉与骨头暴露在外,看起来像是困在一个扭曲的药物实验之中。
解下来发生的事更让人恐惧了。Blazkowicz的部队被Deathshead与四只残暴的纳粹生化人“超級士兵”捉住。Deathshead手上拿这亮晃晃的解剖刀,给Blazkowicz一个选择:他的哪一位同伴要先被解剖作实验?这四个人手被铐住、被超級士兵压制着,而Deathshead等着玩家选择哪个同伴要被牺牲。
很遗憾的是我没做任何选择,接着就看到不幸的后续。两个超級士兵把我两个同伴的头暴力地往后拉,然后用很恶心的角度把他们的头咬掉。他们的眼神死了,我的胃也翻了。然后Blazkowicz身边那位士兵的头被撞烂在火炉里,然后我从第一人称视角看到B.J.的头被囚禁在金属里。