“数码牧场”中可以让多个数码怪兽进行自动育成的设施。这里可以发布三种指令,“特训”可以让其升级并强化,“开发”则可以制作道具与装备,“调查”则可以让它们进行黑客的情报探索,并进行侦探业务的支援作业。
存放之后的数码怪兽中需要指定一个领袖,根据选择的数码怪兽,它们在牧场内的行动效率会发生变化。另外,如果在牧场内设置道具则可以让“特训”的效率上升,这些道具可以通过“开发”制作出来。
其他方面,可以对牧场内的数码怪兽进行投食。当它们吃到食物之后,就会加强与主角的“友情”,并使能力上升。