在舞台部分将前作的冒险部分取消,一开始玩家就是在大地图上面直接开打,有如其他的无双系列游戏一般,直接享受和大量敌兵对峙的爽度。并且在地图上加入了众多事件、乱入要素,让关卡游玩更加有变化性。
最后,《海贼王无双2》剧情部分采用“原创故事”,将融合进原作剧情和最新进度的角色能力,让玩家可以在本作中以"两年后" 的角色来游玩空岛、恐怖三桅帆船等剧情,交织出原作不可能发生的原创事件。