暗影同胞
由于拒绝加入连系全体Protoss心灵的远古的Khala之道，黑暗圣堂武士很早就被族人从Aiur流放了。（在很久以前，Protoss曾共同处于一种连系全族人心灵系统，即Khala之道。而部分Protoss拒绝加入这个他们认为会丧失自我意识独立性的心灵系统，他们自称黑暗圣堂武士）大部分的Protoss都认为重建Khala能结束本族数千年来的内战，把整个Protoss从灭绝的边缘拯救出来。（即要求黑暗圣堂武士抛弃原来的观念，加入Khala。）
因此，在最高议会看来，Tassadar与黑暗圣堂武士共同作战，即使是去对抗Zerg，依旧是异端邪说。惊慌的他们要求Tassadar立刻返回Aiur，但Tassadar拒绝了，回答说当时机成熟时他自然会回来。
在Tassadar的建议下，Artanis改变了其Aiur部队的战术。利用主力部队牵制Zerg，同时派出一支小型部队攻击了一个脑虫。脑虫的死亡果然让他的部队陷入了混乱，但是好景不长，当主宰复活了这个残忍的领导后，虫群又重新集结起来了。只有黑暗圣堂武士强大的暗影能量才能让一个脑虫永远死亡。议会指示Artanis回归传统战术，尽管损失巨大，但Artanis还是在Scion省的战斗中获得了另一场胜利。
审判Tassadar
仲裁官，别动！只要我们黑暗圣堂武士还没死，你就别想动Tassadar一根汗毛。叫你的守卫站开，这样或许你可以再见到明天的月亮。
——Zeratul
由于坚信他们能够轻易胜利，最高议会便要求执行长Artanis把Tassadar带回Aiur接受审判。于是Artanis前往Char星，并带着歉意向他的前任宣读了最高议会的决议。Tassadar同意不做抵抗地回去，但条件是要求执行长帮忙把困在一个被Zerg占领了的Terran建筑内的Zeratul和他的黑暗圣堂武士。
Artanis同意了，而Jim Raynor也带着他的部队加入了战斗。Raynor随后和黑暗圣堂武士陪着Tassadar一同返回了Aiur，希望在那能和他一起抵抗Zerg入侵。结果最高议会拒绝和黑暗圣堂武士合作。他们突袭了Tassadar的部队和他的外族盟友。
Tassadar不能忍受眼看着他的同胞走向自我毁灭，于是他向仲裁官投降。但尽管如此，他的盟友们（Zertaul和Raynor）
还是很快（通过武力）把他从即将到来的危机中救了出来。
主宰的灭亡
最高议会严重地低估了Zerg的能力。Protoss军队已经基本消耗殆尽，可Zerg却一天比一天更多。正当整个大陆惨遭蹂躏之时，Zeratul又带来了更糟糕的消息。当他在Char上刺杀脑虫时，他也短暂的感应到了主宰的思想。他看到了Zerg的进化史。Zerg的进化，和Protoss一样，也是被一个叫Xel'naga的种族控制和加速过。
记住我们吧，执行长。记住今天发生的一切。愿吾神与你同在。
——Tassadar
然而最后，主宰脱离了Xel'naga的控制，并且吞噬了这个古老的种族。现在，主宰正准备以同样的方式灭绝Protoss。如果它成功了，那就没有任何种族能抵挡他们了。
为了对敌人发动最后一击，Tassadar集合了他这个即将衰落的种族的最后抵抗力量，并在战前同走向终结的最高议会达成和解。但是他和他率领的英雄们仅仅是略微削弱了Zerg的力量，而却遭受了巨大的损失。孤注一掷的Tassadar将体内的暗影能量引导到他的战舰——Gantrithor号的外壳上，驾驶着它，撞向了巨大而恐怖的主宰。
撞击造成的爆炸杀死了主宰，而在Aiur上的Zerg也陷入了混乱。但是Protoss却高兴不起来，因为几乎整个Aiur都成了废墟。更重要的是，Zerg整个种族并没有被击败。在遥远的Char上，Kerrigan感应到了主宰的死亡，也领会到了创造她的最终目的。刀锋女王时代，即将来临……