玩家将再次扮演《崛起》里的无名英雄,他居住在一座小型海港城镇“卡尔德拉” 。游戏故事遍布各个岛屿。故事复杂,依照你的选择会产生分支剧情。你会碰到熟悉的面孔,例如Carlos,Gregorius Steelbeard。玩家要协助旧日好友Patty宣召生死未卜的父亲,从而展开了一段冒险之旅。
《崛起2:黑暗水域》动画采用动作捕捉,NPC和怪兽的细节描绘更细腻,凹凸贴图,实时云代替天空盒 ,更加逼真的面部模型,岛上不设读取时间和无形墙面,前往其他岛屿只有短暂的读取时间,NPC之间会相互交流,每个NPC都有各自的日常安排,与前作一样,夜晚和白天的怪兽不相同。