2047年本作主角Dan Marshall于美国内布拉斯加州出生,于18岁时加入美国陆军,优异的表现取得了「生还者」的称号。
2080年精神不稳定的男子闯入北美「BERGEN」总公司,造成了震撼全球的「BERGEN公司事件」,该名男子拥有金属骨骼,外层披覆着类人类组织,并被称呼为「虚空之子」(ホロウチルドレン),这样的人型机器人已经严重违反40年前的「New Geneva Code」条约,而其AI是前所未有的先进技术,而人类社会已经不知道混入了多少这样子的「虚空之子」。为此,事件矛头指向了疑似违反「New Geneva Code」的「AMADA」创立者天田洋二,10天后IRTA派以Dan Marshall为首的特殊部队「最后小队」(ラストクルー),越过筑有高达100公尺的东京湾巨大堤防,希望秘密拘捕嫌疑人天田洋二。但是排外的日本政府对于闯入日本的非法入境者将会无情狙杀,使得最后小队要面对内务省治安维持部队,也要面对下层都市的追击。
在东京的深处,那股影响全人类的危机,此时还没有人知道真相为何…